بتاريخ 21/3/1348 هـ.ش (11/7/1969 ميلادي)، زار رئيس منظمة الامن وقائم مقام النجف الامام واخبراه انهما مكلفان من قبل مجلس قيادة الثورة العراقي بارسال السيد مصطفى معتقلاً الى بغداد وكان اتهامه هو قيامه بزيارة المرحوم السيد الحكيم ممثلاً للامام (بهدف مواساته بعد التعرض لولده السيد مهدي الحكيم بعد عودة السيد الحكيم من بغداد)، ثم طلبا من الامام ان يأذن لهما بتنفيذ هذه المهمة، فاجابهما قائلا:"اذا كان ارسال مصطفى الى بغداد مشروطاً بان اسمح بذلك، فانني لن اسمح بذلك ابداً، اما اذا كنتم مكلفون باعتقاله وارساله فانتم اعرف بواجبكم"! وفي الساعة الثامنة صباحاً ارسل السيد مصطفى مخفوراً الى بغداد ومعه عدد من مسؤولي الامن العراقي، ورغم ذلك، فان الامام حضر في اليوم نفسه الى المسجد وطبق برنامجه اليومي، المعتاد لالقاء درسه وشرع في بيان المباحث العلمية والفقهية الدقيقة بكل سكينة وطمأنينة في حين كان القلق والحزن لاعتقال السيد مصطفى قد سيطر على الحاضرين، كما تابع القيام بسائر فقرات برنامجه اليومي مثل اقامة صلاة الجماعة واللقاءات دون ادنى تغيير.