كان لسماحة الإمام الخميني الراحل رضوان الله عليه ثمانية أبناء:
1ـ الشهيد آية الله السيد مصطفى الخميني.
2ـ علي، وقد توفي وهو في سن الرابعة.
3ـ السيدة صديقة زوجة المرحوم آية الله الإشراقي.
4ـ السيدة فريدة زوجة السيد الأعرابي.
5ـ السيدة فهيمة (زهراء) زوجة الدكتور البروجردي.
6ـ سعيدة، وقد توفيت وهي في سن السبعة أشهر.
7ـ المرحوم سماحة السيد أحمد الخميني.
8ـ لطيفة، وقد توفيت في طفولتها.
كان الإمام الخميني سلام الله عليه طوال حياته السياسية والجهادية يعتمد على الله وحده، وبه يستعين، ويتحرك بالاعتماد على إيمانه، لكن الدور الفعال والمؤثر لابنه السيد مصطفى طوال النهضة الإسلامية وإلى جانب والده كان جليا للأصدقاء والأعداء، فمن تنظيم الطاقات الثورية، إلى جمع الأخبار والمعلومات اللازمة، وإيصال الرسائل السرية لقائد الثورة إلى آيات الله العظمى والعلماء وقادة المجموعات السياسية، وإيجاد الارتباط مع العناصر الثورية. تلك الأعمال المهمة التي أدت إلى اعتقاله من قبل عملاء النظام الملكي، لما كانت المؤسسة الأمنية لدى البهلوية تشعر من خطره، فبعد سجنه قاموا بإبعاده إلى تركيا ثم إلى العراق، ثم إلى اغتياله عام 1977ميلادي للقضاء على دوره المؤثر في تنظيم النهضة الإسلامية وديمومتها. شاءت الإرادة الإلهية أن تضع المسؤولية التي كان يتحملها المرحوم السيد مصطفى في يد شاب مدبّر هو أخوه السيد أحمد. وقد كان السيد أحمد قبل هذه الحادثة المرة مشغول ظاهريا بدراسته الدينية، لكنه في الحقيقة كان يتحمل مسؤولية كبيرة في الحوزة العلمية في قم، وفي سائر نقاط البلاد. فعندما كان بيت سماحة الإمام الخميني سلام الله عليه في النجف الأشرف يشكل مقراً لقيادة الثورة كان المرحوم السيد أحمد الخميني يتولى أمر إدارة شؤون بيت الإمام في قم، وتنظيم اللقاءات، وإيجاد الارتباط الضروري للمجاهدين مع القائد في النجف، وإرسال التقارير عن توسيع النشاطات الثورية في إيران، وإبلاغ توجيهات الإمام إلى المجاهدين، وإدارة العلاقة مع الجماعات المجاهدة في الداخل وغير ذلك من المهام. وطوال الأيام الحساسة التي شهدت اتساع نهضة الشعب الإيراني المسلم، وطوال أيام هجرة زعيم الثورة الإسلامية إلى فرنسا، وعند عودته إلى الوطن الإسلامي، وطوال أحداث الثورة بعد انتصارها كان السيد أحمد مستشاراً، ومدبراً، وسياسياً، ومجاهداً لا يكلّ، وحارساً ذكياً، ومعيناً على الأسرار، وعاشقا مخلصا في خدمة والده ساعياً لكسب رضا الله. فأنّ الدور الذي أداه السيد أحمد الخميني إلى جانب المشعل الوضاء للإمام العزيز كان منشأ بركات يمكننا مشاهدة آثارها في كل صفحة من صفحات تاريخ الثورة الإسلامية. وبعد وفاة الإمام الخميني رضوان الله عليه كان لابنه السيد أحمد تواجد فعال في عدة مراكز سياسية وثقافية، فقد قدم التوجيهات، وعمل كأحد الوجوه البارزة للثورة كمستشار لدى سماحة القائد الخامنئي ومسؤولي النظام الإسلامي. وتولى بنفسه مسؤولية الإشراف على مؤسسة تنظيم ونشر تراث الإمام الخميني رضوان الله عليه وذلك للحفاظ على التراث المكتوب والمسموع لقائد الثورة الإسلامية الكبير ونشر أفكاره وآرائه، إضافة إلى جهوده المضنية لتحويل مرقد الإمام الخميني رضوان الله عليه إلى مصدر الهام لعشاق الثورة الإسلامية، لكنه ما أن بلغ بهذه المؤسسة والمرقد المنزلة اللائقة حتى ألمت به أزمة قلبية توفى على أثرها يوم 7/3/1995ميلادي فأوصى بأن يتولى إدارة المرقد المطهر والمؤسسة ابنه الأكبر السيد حسن الخميني ليبقى بذلك خط الإمام الخميني رضوان الله عليه نيراً، وذكره خالداً.