من هواجس الامام الخميني (قدس سره)، التي كان يلفت الانظار اليها في خطبه المختلفة، انحراف علماء الدين عن الموعظة ومما يُوصون به.. حيث يؤدي ذلك الى انتسابه للاسلام ويتعرض الدين الى انتقاص.
خلال خطاب لسماحته (قدس سره)، في جمع من طلبة العلوم الدينية، في النجف الاشرف، في مسجد الشيخ الانصاري، اكدّ على تهذيب النفس، مخاطباً الحاضرين بالقول:
من الامور التي ينبغي عدم الغفلة عنها، حساسية وضع العالم بالنسبة لغيره، والسرّ في ذلك هو أن الناس يحكمون هكذا، فهم يقولون عن" البقال" إنه انسان سيئ لو ارتكب معصية ما او مخالفة ما، وهكذا بالنسبة للعطار أو الموظف او ما شابههم، لكنهم اذا رأوا مخالفة من معمم فإنهم يقولون: المعممون كلهم هكذا! لا يقولون: بأن هذا المعمم (كذا)، فهم في هذه الحالة لا يميزون ولا يفرقون بين المعممين. لا يقولون مثلًا أن هؤلاء المعممين هم بشر أيضاً، وفيهم الصالح والطالح- نعوذ بالله- أبداً، لا تمييز في النظر الى المعممين. إذا اقترفت أنا عملًا سيئاً قالوا: إن المعممين كذا! والضرر في هذا يعود على الاسلام، وعلى الحوزات العلمية الدينية، وعلى أحكام الاسلام.
إذا قمتم بتسقيط بعضكم البعض هكذا، وإذا اشتبكت الجامعات العلمية فيما بينها، وحاولت احداها تسقيط الأخرى، وقام البعض بقذف البعض الآخر بشائن الالفاظ وفسقّه وكفّره، ثارالهرج، وعمت الفوضى. إذا حطما أنفسنا بأنفسنا، وقضينا على أنفسنا، فلا يبقى لكلامنا الفاعلية في ترسيخ الاسلام في المجتمع، ولن نتمكن من نشر الاسلام.
إنها أمانة بأيدينا أيها الإخوة، إن الله تبارك وتعالى وضع دينه أمانة بأيدينا- نحن الموجودين هنا، ومن يتواجد منا في أماكن أخرى- إن الله وضع هذا الدين أمانة بأيدينا، فلا تخونوا هذه الامانة. ) صحيفة الإمام، ج2، ص: 24-25)