بعث قائد الثورة الاسلامية "آية الله العظمى الامام السيد علي الخامنئي"، رسالة عزاء بمناسبة رحيل العالم الجليل آية الله السيد "محمد بجنوردي".
وكتب قائد الثورة الاسلامية، في رسالة العزاء بالمناسبة، ما يلي :
"بسم الله الرحمن الرحیم
اعزي برحيل "آية الله السيد محمد بجنوردي" (رحمه الله)، الی ذوي المغفور له وأسال الباري عزّوجل ان يتغمده في رحمته وغفرانه.
السيد علي الخامنئي"