الشهيد، العلامة آيه الله السيد مصطفى الخميني (قدس سره)، كان الذراع الايمن والاقوى لمؤسس الجمهورية الاسلامية الايرانية الامام الخميني (قدس سره)، فقد رافقه خلال مراحل النضال كافة حتى شهادته، حيث اعتقل لاول مرة عام 1342 هـ. ش. عند اندلاع اولى شرارات الثورة الاسلامية ومن ثم سجن لمدة وبعد ذلك تم نفيه الى تركية.. وبعد نفي الامام الى تركية وبعدها الى النجف الاشرف، دخل الشهيد المدينة المقدسة عام 1344 هـ. ش. وسكنها، وقد مارس التدريس مدة ثلاثة عشر عاماً في الحوزة العلمية هناك، الى جانب التأليف اضافة الى تواصله مع الثوار المسلمين، وكانت انشطته في هذا المجال، مشجّعة لكثير من المناضلين لتعلّم الفنون العسكرية وفنون حرب العصابات.. مما تسبب في ان يكون النظام الملكي آنذاك في ايران واجهزته القمعية ولاسيما " الساواك" تشعر بالخطر المحدق على السلطة الملكية الجائرة،.. حيث اعدّوا العدة، لحذفه عن طريقهم والتخلص منه، ليكونوا براحة من رفيق الامام (قدس سره)ومساعده والداعي القوى للثورة الاسلامية.. وليكون ذلك، كما ظنوا، ضربة شديدة للامام نفسه، باعتباره قائد ومرشد الثورة الاسلامية.. وهكذا دسوا له السم، بطريقة ما، وعلى علم المخابرات العراقية، انذاك.. واستشهد، مناضلا ومكافحا ومجاهدا في سبيل الله.
قالت السيد معصومة حائري يزدي، عقيلة الشهيد اية الله السيد مصطفى الخميني، وهي تروي ذلك "في تلك الليلة التي استشهد فيها السيد مصطفى الخميني، كنا ننتظر ضيوفا فالساعة 12، في منزلنا، كنت مريضة جداً وقد احضر لي السيد دعائي الذي كان جيراننا، طبيباً. وكان من عادة السيد مصطفى، المطالعة ليلاً. تلك الليلة ، قال لي اذا حضر الضيوف، فانا افتح الباب لهم ذهبي ونامي. ولم نعلم شيئاً بعد ذلك. متى جاء الضيوف وفي اي وقت ومتى ذهبوا، وما حدث؟ في الصباح الباكر، عندما حملوا اليه الفطور رأوه جالساً، الّا انّ رأسه مائلاً الى الاسفل. في الحال، صعدت الى الطابق الاعلى، حيث شاهدت انّ ايدي السيد مصطفى بلون بنفسجي وكانت هناك بُقَعٌ بفسجية على صدره. وقد تم نقل السيد مصطفى، الى المسشفى باسرع وقت. عندما ارادوا تشريح بدنه، لم يأذن الامام بذلك، وقال: يعتقلون عدداً من الابرياء.. واعتقالهم لايعيد السيد مصطفى الينا، ومن جهة اخرى مانعت الحكومة البعثية، أنذاك في ان يبدي الاطباء بنظرهم.. وهددت الاطباء حول ذلك.. لانّ شهادته كانت على اثر التسمم بشكل كامل."
لقد حُمل جثمان الشهيد اية الله السيد مصطفى الخميني، الساعة العاشرة صباحاً بعد ذلك الى كربلاء وتم غسله بماء الفرات، وبعد تشييع مهيب، دُفن في الرواق الذهبي.. في مرقد اميرالمؤمنين (ع). ومما نقل عن الامام الخميني (قدس سره)قوله لعقيلته الممقرة (اي عقيلة الامام)، انّ الله تعالى اعطانا امانة واخذها منا. فعلينا الصبر وعليكم ايضاً، وان يكون ذلك في سبيل الله، وعقب استشهاد السيد مصطفى اُقيمت في النجف الاشرف، في الحوزات العلمية، وفي قم وطهران ماتم كبيرة حضرها كبار علماء الدين وعامة الناس ولم يخطر ببال الامن الايراني أن تنتشر مجالس التأمين في كافة انحاء ايران، لذلك فقد اصدر مدير الدائرة الثالثة في الامن برويز ثابتي، امراً لجلاوزته بمراقبة تلك المجالس واتخاذ ما يلزم عند الضرورة، خاصة اذا تم فيها تمجيد وثناء الامام الخميني (قدس سره).
يروي حجة الاسلام والمسلمين السيد دعائي، ما يتذكره عن الشهيد اية الله السيد مصطفى الخميني، حيث يقول: مما كان لوجود السيد مصطفى الى جانب والده وما حدث له، والتحاقه بالملكوت الاعلى، حسب ما اراد الله تعالى.. ظهور و وضوح احد جوانب شخصية الامام (قدس سره)الروحية والعرفانية اثر استشهاد السيد مصطفى، وقد تبلور ذلك بموقف الامام (قدس سره)بالنسبة لمصيبة كبرى ومؤلمة والتسليم لما اراد الله تعالى وان لم تكن تلك الحادثة، لم يتوضح و لم تظهر للعيان عظمة روح الامام وعظمة مقام الرضا والتسليم لمشيئته الله. كذلك اظهرت الحادثة المذكورة عظمة الدور الذي كان يلعبه الشهيد (قدس سره)وهو الى جانب حضرة الامام.